设置有司，分别是:刺杀司、反贪司、刺探司、传情司、卧底司、军情司、联络司、后勤司、刑讯司、扩展司。

刺杀司就负责刺杀；反贪司只有凉州部才有，刘范用来打击凉州的贪污腐败；刺探司专职刺探情报；传情司负责传递情报；卧底司就安插在重点地方的重点人物身边，也负责刺探情报；军情司只负责刺探军事方面的情报；联络司负责沟通其余九个司，统筹安排九个司；后勤司就是负责后勤，也负责给锦衣卫探子们分发薪水；刑讯司，就负责严刑逼供，主要针对贪官；扩展司就是继续用刘诞的手段扩展锦衣卫。

每一个指挥使同知负责管理一个部，每一个佥事负责管理一个司，两级官员都直接向刘诞负责，刘诞再对刘范负责。